常見的建設工程合同糾紛主要有以下三類：一是建設工程施工合同糾紛訴訟主體的確定;二是建設工程施工合同效力的認定;三是工程價款優先受償權的保護。
一、建設工程施工合同糾紛訴訟主體的確定
建設工程施工合同糾紛案件當事人的事情都比較復雜，在處理該類型的案件中，較為還藏劍的有以下幾種情況：
1、因為轉包、違法分包合同發生的糾紛，實際施工人只起訴承包人索要工程款的應予以準許，原則上不將發包人列為案件當事人。但是承包人要求追加發包人為第三人并對其主張權利，而發包人對承包人又負有義務，可以將發包人列為第三人，為了查明案件類型的事實需要，法院也可以追加發包人為第三人，實際施工人直接以發包人為被告主張權利的予以準許。
2、施工人掛靠其他建筑施工企業并以被掛靠單位的名義簽訂建設工程施工合同，掛靠施工人或者被掛靠單位起訴發包人，發包人可以直接追加被掛靠的單位或者掛靠施工人第三人。發包人死去掛靠施工人或者被掛靠單位的，可以追加被掛靠單位或者掛靠是個人為共同被告。
3、轉包的、分包工程因為剛才質量的問題引起的糾紛，如發包人只起訴承包人或者發包人只起訴實際工人的，可依當事人的室內去哪個，將實際施工人或者承包人追加為共同被告。
4、承包人經發包人同意將工程轉包的，屬于是合同轉讓即合同權利義務的概括轉移。合同一經轉讓，承包人即退出承包合同關系，受讓人取得原合同當事人的法律地位，其起訴索要工程款的，應當直接起訴發包人，與此對應，發包人因為工程質量問題應直接起訴實際施工人。
5、多個承包人聯合共同承包的，因其均為承包合同的一方當事人，發包人提起訴訟的，承包各方應作為共同被告。
6、工程項目經理部不是適格的訴訟主體，應以設立該項目經理部的法人為訴訟主體。
二、建設工程施工合同效力的認定
《合同法》第五十二條規定合同無效的五種情況，該條第(五)項規定了違反法律法規強制性規定的合同無效，但并非所有的強制性規范都是認定合同效力的依據，只有違反了效力性強行性規范的合同，因內容違反了社會公共利益和不特定第三人利益，才應認定無效合同。過去我們一般都是從條文使用的某個術語或者詞語進行判斷是管理性規范還是強制性規范，一次來認定合同效力這樣是不準確的，實踐中應當注意的，關于建設工程施工合同的效力主要審查一下幾類：
1、承包人未取得建筑施工企業資質或者超越資質等級承包建設工程的合同無效。
2. 沒有資質的實際施工人使用有資質的建筑施工企業名義承攬工程的合同無效。在這里特別要注意的是區分掛靠關系與建筑企業的內部橫暴關系。如兩者之間有產權聯系、有統一財務管理、有嚴格而規范的人事任免和調動或聘用手續就可以認定為內部承包關系，而不認定為掛靠關系。反之，則為掛靠關系。
3、非法轉包和違法分包的合同無效。
4、建設工程必須進行招標而未招標或者中標無效的合同無效。
5、無取得土地使用權證、無取得建筑工程規劃許可證、無辦理報建手續的“三無”工程的施工合同應確認無效，但在審理期間已補辦手續的，應確認合同有效。
6、承包人沒有承攬建設工程的資質，但具有勞務分包資質的，其與總承包人、分包人簽訂的勞務分包合同有效。
7、墊資施工合同不作無效認定。當事人對墊資及墊資利息有約定的，承包人請求按照約定返還墊資及其利息的，應予支持，但其約定利息計算標準不得高于中國人民銀行發布的同期同類貸款利率。對墊資沒有約定而實際存在墊資事實的，按照工程欠款處理，對墊資利息沒有約定，承包人請求支付利息的，不予支持。
三、工程價款優先受償權的保護
《合同法》第286條對工程價款優先受償權作了原則規定，最高人民法院《關于建設工程價款優先受償權的批復》對優先受償權的效力、限制、范圍及期限作了較為具體的規定，為充分保護承包人的工程價款優先受償權，還需要明確以下幾個問題：
第一，優先受償權的行使范圍包括了裝飾裝修工程，但不包括工程勘察和涉及，但裝飾裝修工程的發包人不是該建筑物的所有人或者承包人與該建筑物的所有人之間沒有合同關系的除外。
第二，優先受償權擔保的工程款范圍，如是已竣工工程，為竣工結算價，未竣工工程則以施工預算價為基礎進行評估確定的工程價款，應當包括承包人的正常利潤和為承包工程進行施工的墊資款，單不包括違約造成的損失。
第三，行使優先權的期限為六個月，此期限為除斥期間，優先受償權的行使應以竣工之日或合同約定的竣工之日起計算，而非竣工驗收合格之日。
第四，優先受償權的行使，不以建設工程是否竣工為限。
第五，優先受償權的行使不受合同效力的影響。建設工程施工合同無效，但工程質量合格的，承包人可以依據《司法解釋》第2條的規定主張工程款，故其當然享有工程價款優先受償權。
第六，分包人或實際施工人有條件地享有優先受償權。《司法解釋》第26條第2款規定了分包人和實際施工人可以在發包人欠付工程款范圍內向發包人請求支付工程款。由此可以推斷出，只要分包人和實際施工人完成了其與總包人或轉包人之間合同約定的施工義務且工程質量合格的，在總包人或轉包人不主張或怠于主張工程價款優先受償權的情況下，應允許分包人或實際施工人就其承建的工程部分在發包人欠付的工程款范圍內向發包人主張工程價款優先受償權。
第七，工程款債權轉讓后，受讓人也應享有優先受償權。
第八，不應作為工程價款優先受償權標的的建設工程包括：消費者已交付全部或大部分購房款的商品房;被作為執行標的物并已執行完畢的建設工程;《合同法》頒布實施前，已辦理抵押登記或已出售、預售的建設工程;學校、醫院等公益性建設工程;黨委、政府等機關單位的辦公樓，道路、橋梁等公共設施;所有權已被法院生效法律文書確定轉移的建設工程。
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